של החלון הפעיל הוא החלון הראשי של היישום שבו המשתמש פועל כעת. כדי לאפשר למשתמש לזהות בקלות את החלון הפעיל, המערכת ממקם אותו בראש סדר Z, משנה את הצבע של פס כותרת וגבול שלו לצבעים מוגדרים על-ידי המערכת של החלון הפעיל. רק חלון ברמה העליונה יכולים להיות החלון הפעיל. כאשר המשתמש עובד עם חלון צאצא, המערכת מפעילה את החלון האב ברמה העליונה המשויכים חלון צאצא.
חלון ראשי אחד בלבד במערכת פעיל בכל פעם. המשתמש מפעיל בחלון הראשי על-ידי לחיצה עליו (או לאחד החלונות הילד), או באמצעות alt + esc או צירוף המקשים alt + tab. יישום הפעלת חלון ראשי על-ידי קריאה לפונקציה SetActiveWindow . פונקציות אחרות יכול לגרום למערכת הפעלת חלון ברמה אחרת, כולל SetWindowPos, DeferWindowPos, SetWindowPlacement DestroyWindow. למרות יישום יכול להפעיל את חלון ברמה העליונה אחר בכל עת, כדי להימנע מבלבלות למשתמש, עליו לבצע זאת רק בתגובה לפעולה של המשתמש. יישום משתמשת בפונקציה GetActiveWindow כדי לאחזר מזהה ייחודי על החלון הפעיל.
כאשר ההפעלה משתנה מחלון ברמה העליונה של יישום אחד לחלון הראשי של אחר, המערכת שולחת הודעה WM_ACTIVATEAPP על שני היישומים, ליידע אותם לגבי השינוי. כאשר ההפעלה הופך לחלון הראשי אחר באותו יישום, המערכת שולחת הודעה WM_ACTIVATE שני החלונות.